V repozitářích neurodebianu jsem náhodou nalezl balíček virtual-mri-nonfree. Tento balíček je k dispozici i pro Ubuntu. Pokud tedy používáte operační systém GNU/Linux vycházející z Debianu (Debian, NeuroDebian, Ubuntu, Mint atd), stačí napsat apt-get install virtual-mri-nonfree a spustit program virtual-mri. Uživatelé Windows a Mac OS X mohou program stáhnout na stránkách projektu - je v Javě a tudíž by s instalací neměl být problém. Aplikace je z roku 2006, ale stále pěkná !
Pokud kliknete na druhou ikonku vpravo nahoře, místo fantomu budete měřit mozek (měří se příkazem start). Existují nástroje pro program imagej, kterými můžete předpřipravit vlastní data - to se mi ale zatím nepodařilo rozchodit - pokud se vám podaří, podělte se v diskuzi ! Přeji dobrou zábavu !

Vážení hubramáci,

přijměte pozvání na Vzdělávací workshop – morfometrické metody a jejich přesah k funkčnímu zobrazování mozku, který se uskuteční  27. března 2014 od 9:00 h v Univerzitním kampusu MU, budova INBIT, velká zasedací místnost, Kamenice 34, Brno.

Workshop bude zaměřen na magisterské i doktorské studenty a začínající výzkumníky v oblasti neurozobrazování a funkčního mapování mozku bez ohledu na primární oblast vzdělání. Předpokládá se však určitá základní znalost/představa o problematice funkčního mapování mozku či obecně zobrazování pomocí MR tomografu. Velká část workshopu bude věnována morfometrickým metodám (voxel based morfometrie apod.) a dále přesahům a návaznostem mezi morfometrickými přístupy (resp. informace získanými z analýzy strukturních snímků) a funkčním mapováním mozku.

Tematicky bude workshop pokrývat tyto oblasti:
•    Základní principy morfometrických metod
•    Předzpracování strukturních (anatomických) snímků pomocí software SPM
•    Voxel-based morphometry (VBM), Source-based morphometry (SBM), Deformation-based morphometry (DBM)

Úvod

Stránka HuBraM.cz podporuje přihlášení pomocí OpenId. V praxi to znamená, že nemusíte pracně vymýšlet nové neprůstřelné heslo, ale že je možné ověřovat identitu pomocí třetí strany. Tou je typicky Váš poskytovatel e-mailu. Jak to v praxi funguje ?

Kliknete na odkaz "přihlásit pomoci OpenID" (vlevo pod přihlašovacím okénkem). Systém se vás zeptá na OpenID. Následuje přepojení na poskytovatele Vašeho emailu, který se zeptá na vaše heslo (to ale na náš server nepošle) a zda se opravdu chcete přihlásit na
HuBraM. Pokud máte v jiném okně otevřené webové rozhraní mailu, ani na to heslo se nezeptá. V dalším kroku jenom odpoví HuBraMu, že jste to vy.

Jak se jednoduše zaregistrovat

1. Dejme tomu, že máte e-mail jan.novak@seznam.cz (stejně to funguje pro email.cz, post.cz, spoluzaci.cz, stream.cz, firmy.cz). Vaše OpenID je potom jan.novak.id.seznam.cz (viz
   • WWW HuBraM
   • Netýká se konkrétní modality
   • Pro možnost psaní komentářů se přihlašte nebo zaregistrujte.
   • Číst dál

Zdravíme fMRI FSL komunitu,

dvě novinky z FSL:

1) V poslední verzi se objevil v repozitářích NeuroDebianu balík pro akceleraci výpočtu pomocí výkonných grafických karet Nvidia. Vlastní zkušenosti bohužel zatím nemáme.

2) Popis a interpretace aktivovaných oblastí mozku je v(d)ěčné téma. Užitečným pomocníkem může být atlas z projektu neurosynth.org (viz tam) zabalíčkovaný pro Debian, a sice v "lehké" a "plné" verzi. V popisu balíku se uvádí:

Description: neurosynth - atlas for use with FSL, all 525 terms
NeuroSynth is a platform for large-scale, automated synthesis of functional magnetic resonance imaging (fMRI) data extracted from published articles.
This package provides an atlas for use with FSL (and FSLview in particular) containing prior and posterior probabilities expressed as z-scores of relevance of corresponding terms to any given brain location.  Statistical maps should correspond to the one currently found on http://beta.neurosynth.org.

fsl-neurosynth-atlas: All 525 terms are included.

Vážení hubramáci,

dovoluji si Vás pozvat na vzdělávací workshop zaměřený na principy fMRI a základy zpracování fMRI dat. Wokrshop proběhne 6.12.2013 v Brně (univerzitní kampus MU, Brno-Bohunice) od 9:00 a bude obsahovat dopolední teoretickou a odpolední praktickou část (v počítačové učebně, zaměření na zpracování fMRI dat v programu SPM). Vstup na akci je zdarma, ale je nutná registrace emailem na adresu michal.mikl@ceitec.muni.cz
Kapacita praktické odpolední části je omezená cca na 20 osob.
Bližší informace v přiložené pozvánce.

jiri.keller odeslal(a) tento e-mail ze stranek HuBraM.

Vážení,
omlouvám se za nevyžádanou poštu, jen připomínám těm, kteří
odkládali své rozhodutí, že seznam zájemců o trička se bude uzavírat
již v pondělí 13.3. !! Neváhejte a pište - soukromé zprávy,
komentáře, maily ...

s pozdravem
Jiří Keller

Vážení Hubramáci,

přijměte pozvání na vzdělávací fMRI workshop se zaměřením na konektivitu, který bude realizován v Brně 4.4.2013 od 8:00 h do 12:00 h. Tato akce je spolupořádaná naší sekcí a přímo předchází 9. mezinárodnímu olomouckému fMRI workshopu, který začíná tentýž den cca od 17:00. Z Brna do Olomouce jsou poměrně rozumné možnosti přesunu autobusem, vlakem nebo automobilem.

Místo konání: Univerzitní kampus MU, budova INBIT, velká zasedací místnost, Kamenice 34, Brno.

Workshop bude zaměřen na magisterské i doktorské studenty a začínající výzkumníky v oblasti fMRI bez
ohledu na primární oblast vzdělání. Předpokládá se však určitá základní znalost/představa
o problematice funkčního mapování pomocí fMRI, protože obecné základy budou
zmíněny jen ve velmi omezené míře a většina prostoru bude věnována konektivitě.

Podrobný program zde bude následně doplněn. Přiložena je pozvánka v PDF s programem workshopu.

Účast na workshopu je bezplatná, ale prosíme o registraci na emailovou adresu michal.mikl@ceitec.muni.cz

Roles: authenticated user

Vážení hubramáci,

pokud sledujete dění v naší sekci, tak jste jistě postřehli, že na plenární schůzi konané během neurofyziologického sjezdu v Martině byla odsouhlasena pravidla voleb a byli navrženi kandidáti (viz. související zápis). Následně začala realizce voleb do rady sekce pro funkční mapování mozku ČSKN ČLS JEP (HuBraM). Dne 20. 12. 2012 oznámila volební komise pod vedením Marka Bartoně výsledky voleb. Do rady byli zvoleni (v abecedním pořadí):

• Milan Brázdil
• Petr Hluštík
• Jiří Keller
• Michal Mikl
• Irena Rektorová

Zvolením rady sekce tak končí činnost přípravného výboru.

S přáním pěkných vánoc a úspěšného vstupu do roku 2013

Michal Mikl

předseda přípravného výboru sekce

Vzhledem k neutuchajícímu zájmu čínských spammerů o náš server mne už přestalo bavit ruční promazávání účtů a rozhodl jsem se zakročit. Odříznout ČLR od přístupu k HuBraMu nechci a tudíž byla na výběr nějaká CAPCHA. Rozhodl jsem se pro jednoduchý Turingův stroj, který zájemce o registraci "zkouší" ze základních zkratek, které potenciální zájemce o klinickou neurofyziologii buď běžně znají a používají, nebo budou schopni vyhledat. Pokud budou roboti moc chytří, budeme muset zavést obrázkovou Capcha, která ukáže fMRI aktivaci a uživatel bude muset popsat její anatomickou lokalizaci ;-) Hezké léto přeje

Jirka Keller