Milí hloubaví přátelé,
analýza funkčních stavů mozku je klíčovou v klinických, ale i teoretických oblastech a její význam roste s přílivem technik přinášejících nové přístupy a výsledky. Česká společnost pro klinickou neurofyziologii se rozhodla vytvořit oficiální platformu sdružující odborníky mapující funkční aktivitu mozku různými metodami (fMRI, PET, SPECT, EEG, NIRS, TMS) v České Republice. Sekce je orientována na otevřené a zapálené specialisty napříč lékařskými, technickými, psychologickými i filozofickými obory pro vytvoření vědomostního a tvůrčího potenciálu, jako základu, na kterém budou vystavěny pilíře pro zvýšení kompetence odborníků a pracovišť, nalézání partnerů pro řešení aktuálních problémů, koordinaci úsilí a hledání klinických aplikací.

Zapojte se do tohoto projektu nejprve registrací na webu hubram.cz. Pro plnohodnotné členství se všemi výhodami a právy je dále nutné stát se členem ČSKN ČLS JEP - stačí vyplnit jednoduchý online registrační formulář. Neváhejte a staňte se členy ještě dnes !

10. letní škola matematické biologie

Vážení kolegové a příznivci data-analytických krás,

Dovolujeme si Vás pozvat na letošní letní školu matematické biologie, která se uskuteční od 9. do 12. září 2014 v nově zrekonstruovaném Kaprálově mlýně v lůně přírody nedaleko Ochoze u Brna. Letošní jubilejní 10. ročník letní školy bude věnován následujícímu ústřednímu tématu: "Analýza a zpracování obrazových dat v neurovědách --- Image Data Analysis and Processing in Neuroscience". Vedle lektorů z řad vyučujících IBA MU pro vás zajistí zajímavé přednášky a cvičení také odborníci z Fakultní nemocnice Brno, ze Středoevropského technologického institutu CEITEC, z pražské techniky ČVUT a dále také ze zahraničí: prof. Giovanni Montana z Velké Británie a Dr. René Mandl z Holandska.

Virtuální MR skener - kdo si hraje, nezlobí !

V repozitářích neurodebianu jsem náhodou nalezl balíček virtual-mri-nonfree. Tento balíček je k dispozici i pro Ubuntu. Pokud tedy používáte operační systém GNU/Linux vycházející z Debianu (Debian, NeuroDebian, Ubuntu, Mint atd), stačí napsat apt-get install virtual-mri-nonfree a spustit program virtual-mri. Uživatelé Windows a Mac OS X mohou program stáhnout na stránkách projektu - je v Javě a tudíž by s instalací neměl být problém. Aplikace je z roku 2006, ale stále pěkná !
Pokud kliknete na druhou ikonku vpravo nahoře, místo fantomu budete měřit mozek (měří se příkazem start). Existují nástroje pro program imagej, kterými můžete předpřipravit vlastní data - to se mi ale zatím nepodařilo rozchodit - pokud se vám podaří, podělte se v diskuzi ! Přeji dobrou zábavu !

screenshot

Vzdělávací workshop – morfometrické metody a jejich přesah k funkčnímu zobrazování mozku

Vážení hubramáci,

přijměte pozvání na Vzdělávací workshop – morfometrické metody a jejich přesah k funkčnímu zobrazování mozku, který se uskuteční  27. března 2014 od 9:00 h v Univerzitním kampusu MU, budova INBIT, velká zasedací místnost, Kamenice 34, Brno.

Workshop bude zaměřen na magisterské i doktorské studenty a začínající výzkumníky v oblasti neurozobrazování a funkčního mapování mozku bez ohledu na primární oblast vzdělání. Předpokládá se však určitá základní znalost/představa o problematice funkčního mapování mozku či obecně zobrazování pomocí MR tomografu. Velká část workshopu bude věnována morfometrickým metodám (voxel based morfometrie apod.) a dále přesahům a návaznostem mezi morfometrickými přístupy (resp. informace získanými z analýzy strukturních snímků) a funkčním mapováním mozku.

Tematicky bude workshop pokrývat tyto oblasti:
•    Základní principy morfometrických metod
•    Předzpracování strukturních (anatomických) snímků pomocí software SPM
•    Voxel-based morphometry (VBM), Source-based morphometry (SBM), Deformation-based morphometry (DBM)

Jak se jednoduše zaregistrovat na HuBraMu aniž byste museli vymýšlet nové heslo

Úvod

Stránka HuBraM.cz podporuje přihlášení pomocí OpenId. V praxi to znamená, že nemusíte pracně vymýšlet nové neprůstřelné heslo, ale že je možné ověřovat identitu pomocí třetí strany. Tou je typicky Váš poskytovatel e-mailu. Jak to v praxi funguje ?

Kliknete na odkaz "přihlásit pomoci OpenID" (vlevo pod přihlašovacím okénkem). Systém se vás zeptá na OpenID. Následuje přepojení na poskytovatele Vašeho emailu, který se zeptá na vaše heslo (to ale na náš server nepošle) a zda se opravdu chcete přihlásit na
HuBraM. Pokud máte v jiném okně otevřené webové rozhraní mailu, ani na to heslo se nezeptá. V dalším kroku jenom odpoví HuBraMu, že jste to vy.

Jak se jednoduše zaregistrovat

  1. Dejme tomu, že máte e-mail jan.novak@seznam.cz (stejně to funguje pro email.cz, post.cz, spoluzaci.cz, stream.cz, firmy.cz). Vaše OpenID je potom jan.novak.id.seznam.cz (viz

Novinky v FSL: neurosynth.org

Zdravíme fMRI FSL komunitu,

dvě novinky z FSL:

1) V poslední verzi se objevil v repozitářích NeuroDebianu balík pro akceleraci výpočtu pomocí výkonných grafických karet Nvidia. Vlastní zkušenosti bohužel zatím nemáme.

2) Popis a interpretace aktivovaných oblastí mozku je v(d)ěčné téma. Užitečným pomocníkem může být atlas z projektu neurosynth.org (viz tam) zabalíčkovaný pro Debian, a sice v "lehké" a "plné" verzi. V popisu balíku se uvádí:

Description: neurosynth - atlas for use with FSL, all 525 terms
NeuroSynth is a platform for large-scale, automated synthesis of functional magnetic resonance imaging (fMRI) data extracted from published articles.
This package provides an atlas for use with FSL (and FSLview in particular) containing prior and posterior probabilities expressed as z-scores of relevance of corresponding terms to any given brain location.  Statistical maps should correspond to the one currently found on http://beta.neurosynth.org.

fsl-neurosynth-atlas: All 525 terms are included.

Vzdělávací workshop v Brně - základy fMRI včetně praktické části analýzy fMRI dat

Vážení hubramáci,

dovoluji si Vás pozvat na vzdělávací workshop zaměřený na principy fMRI a základy zpracování fMRI dat. Wokrshop proběhne 6.12.2013 v Brně (univerzitní kampus MU, Brno-Bohunice) od 9:00 a bude obsahovat dopolední teoretickou a odpolední praktickou část (v počítačové učebně, zaměření na zpracování fMRI dat v programu SPM). Vstup na akci je zdarma, ale je nutná registrace emailem na adresu michal.mikl@ceitec.muni.cz
Kapacita praktické odpolední části je omezená cca na 20 osob.
Bližší informace v přiložené pozvánce.

[Všem] Deadline na trička již v pondělí

jiri.keller odeslal(a) tento e-mail ze stranek HuBraM.

Vážení,
omlouvám se za nevyžádanou poštu, jen připomínám těm, kteří
odkládali své rozhodutí, že seznam zájemců o trička se bude uzavírat
již v pondělí 13.3. !! Neváhejte a pište - soukromé zprávy,
komentáře, maily ...

s pozdravem
Jiří Keller

Vzdělávací fMRI workshop se zaměřením na konektivitu

Vážení Hubramáci,

přijměte pozvání na vzdělávací fMRI workshop se zaměřením na konektivitu, který bude realizován v Brně 4.4.2013 od 8:00 h do 12:00 h. Tato akce je spolupořádaná naší sekcí a přímo předchází 9. mezinárodnímu olomouckému fMRI workshopu, který začíná tentýž den cca od 17:00. Z Brna do Olomouce jsou poměrně rozumné možnosti přesunu autobusem, vlakem nebo automobilem.

Místo konání: Univerzitní kampus MU, budova INBIT, velká zasedací místnost, Kamenice 34, Brno.

Workshop bude zaměřen na magisterské i doktorské studenty a začínající výzkumníky v oblasti fMRI bez
ohledu na primární oblast vzdělání. Předpokládá se však určitá základní znalost/představa
o problematice funkčního mapování pomocí fMRI, protože obecné základy budou
zmíněny jen ve velmi omezené míře a většina prostoru bude věnována konektivitě.

Podrobný program zde bude následně doplněn. Přiložena je pozvánka v PDF s programem workshopu.

Účast na workshopu je bezplatná, ale prosíme o registraci na emailovou adresu michal.mikl@ceitec.muni.cz



[Všem] fMRI workshop v Olomouci + treti vlna tricek !

Roles: authenticated user

Výsledky voleb do rady sekce HuBraM

Vážení hubramáci,

pokud sledujete dění v naší sekci, tak jste jistě postřehli, že na plenární schůzi konané během neurofyziologického sjezdu v Martině byla odsouhlasena pravidla voleb a byli navrženi kandidáti (viz. související zápis). Následně začala realizce voleb do rady sekce pro funkční mapování mozku ČSKN ČLS JEP (HuBraM). Dne 20. 12. 2012 oznámila volební komise pod vedením Marka Bartoně výsledky voleb. Do rady byli zvoleni (v abecedním pořadí):

  • Milan Brázdil
  • Petr Hluštík
  • Jiří Keller
  • Michal Mikl
  • Irena Rektorová


Zvolením rady sekce tak končí činnost přípravného výboru.


S přáním pěkných vánoc a úspěšného vstupu do roku 2013

Michal Mikl

předseda přípravného výboru sekce


Syndikovat obsah